Pulmonal angewendete Arzneimittel werden in der Leitlinie „Gute Substitutionspraxis“ der Deutschen Pharmazeutischen Gesellschaft e.V. unter den Darreichungsformen genannt, für die eine Substitution als kritisch zu beurteilen ist.

Die im Rahmenvertrag nach § 129 SGB V festgelegte Pflicht der Apotheken, verordnete Arzneimittel gegen rabattbegünstigte Alternativpräparate auszutauschen, erstreckt sich auch auf pulmonal angewendete Darreichungsformen wie z. B. Dosieraerosole. Damit kann es dazu kommen, dass ein Patient, der die Bedienung eines bestimmten Dosieraerosols gewohnt ist, aufgrund von Rabattverträgen nun in der Apotheke ein andersartiges Inhalationssystem erhält. Dies kann zu Anwendungsfehlern und Compliance-Problemen führen und somit den Therapieerfolg gefährden. Der Arzt kann eine Arzneimittelsubstitution verhindern, indem er bei der Verordnung durch Setzen des Aut-idem-Kreuzes einen Austausch des Präparats in der Apotheke untersagt. Tut er dies nicht, so kann der Apotheker dennoch einen Austausch im Sinne der Regelungen nach § 130 SGB V verhindern, indem er Pharmazeutische Bedenken geltend macht.