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Die AMK ist eine Institution der ABDA (Bundesvereinigung Deutscher Apothekerverbände). Sie erfasst Arzneimittelrisiken und wertet die Beanstandungen aus Apotheken hinsichtlich Qualität, Nebenwirkungen und sonstigen Arzneimittelrisiken aus.

Nach der ApBetrO sind Apotheken verpflichtet, bei Verdacht auf Qualitätsmängel ihre zuständige Überwachungsbehörde zu informieren. Die Berufsordnungen der Apothekerkammern verpflichten die Apothekerinnen und Apotheker, Arzneimittelrisiken an die AMK zu melden. Die AMK erfasst diese Meldungen, untersucht u. U. das Arzneimittel und informiert den pharmazeutischen Unternehmer und ggf. die Behörden. Die Geschäftsstelle der AMK gewährleistet die Kommunikation bekannt gewordener Risiken von Arzneimitteln und Medizinprodukten (Apotheken, Hersteller, Behörden).

Die AMK veröffentlicht wöchentlich aktuelle Nachrichten in der pharmazeutischen Fachpresse (Druck- und Online-Ausgaben der Pharmazeutischen Zeitung (PZ), Deutsche Apotheker Zeitung (DAZ)). Weiterhin können die AMK-Nachrichten aus dem Modul „Aktuelle Info" der ABDA-Datenbank sowie aus dem Internet (www.arzneimittelkommission.de) abgerufen werden.